Una vegada finalitzada la Guerra Civil, aquest refugi va ser dividit en dues parts. Els veïns i veïnes del Fondó van transformar una de les meitats en aljub per a emmagatzemar i proveir-se d'aigua. A partir d’aquest moment, el refugi no va tenir cap altre ús. La transformació no va tenir  gran cost, ja que van reutilitzar les infraestructures existents: la torre, utilitzada com a respirador, es va convertir en la boca on es va instal·lar el sistema de corrioles per a l'extracció de l'aigua. 

A l'Ajuntament de Monòver, es conserva un comunicat de setembre de 1939, en el qual el coronel cap de l'Exèrcit de l'Aire José M. Aymat Mareca, sol·licitava un informe de les instal·lacions militars del Fondó per a poder mantenir el camp d'aviació per a l'exèrcit franquista, aquest comunicat va arribar al consistori que va enviar un recurs perquè els camps foren retornats als seus propietaris anteriors per la dolenta situació econòmica per la qual travessava la població.

Finalment, tots els terrenys van tornar a les mans dels seus propietaris el març de 1940, i els van convertir novament en terres de cultiu de cereals i vinya.